顺应潮流:仅血浆ctDNA-MRD探测的应用前景!

2022-02-14 14:19:24 来源:
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"磷酸化被扩展到MRD样品的潜力是确实的,希望这些进展将继续提升早先MRD样品的可靠性。"

胃癌的MRD样品是一种灵敏且特异的运用于追踪胃癌病症血液之中源性遗传物质(如ctDNA)相对数量的分析方法。在这种状态下,病症不会肉眼可见的结核,但确实长期存在;也规诊断影像分析方法未能样品到但再一会导致胃癌住院的非常大结核。

MRD,;也特指非常大渗入结核(Minimal Residual Disease)。采用“Minimal” (非常大)这个含义,是因为它在古书和诊断关键技术人员之中更;也用。不过,“Minimal”这个含义或许带有“误导性”,因为低水平的病变在预后和疗程决策方面也或许带有极为重要意义。“Measurable”(可测量)一含义可更直观地描述渗入在患者血液的免疫细胞的长期存在。NCCN指南同时采用了“Minimal Residual Disease”(非常大渗入结核)和“Measurable Residual Disease”(可测量渗入结核)两个术语。

此则有,可行性科学研究表明在分子水平上样品多种胃癌类型的ctDNA同样带有诊断诱因,古书和诊断关键技术人员有时也会采用“Molecular Residual Disease”(分子渗入结核)一含义。

近期,国内则有在实体之中基于ctDNA的MRD分析报告(ctDNA-MRD)的诊断数据资料和证据更为多,掀开了实体瘤MRD样品的热潮。实体瘤ctDNA-MRD样品的关键技术流派主要有两大类:

1)Tumor-informed assays(知情分析分析方法)

对原发举例来说织起来同步进行测序以认定病症的特异遗传举例来说变异图谱,然后新设计引物个性化panel或采用固定panel同步进行个性化的ctDNA样品分析分析方法。

2)Tumor-uninformed assays(置之不理分析分析方法)

也可以特指Tumor-agnostic assays或Tumor-naïve assays,即无需原发举例来说织起来,大部分依赖于一举例来说预先选定引物/遮罩新设计的与胃癌类型相关的固定panel同步进行ctDNA样品分析分析方法,;也在样品ctDNA磷酸化的同时,相结合ctDNA磷酸化或片段举例来说学等多举例来说学分析方法。补足了举例来说织起来采样不足或追踪核苷酸不足或TAT过长等疑虑。

Tumor-informed assays的关键技术方针更合理大众的认知,在保证低抗原的之前提下,可通过追踪多核苷酸的sample-level(采样水平)进一步提升其增益,关键技术门槛相对来说不是值得注意低。Tumor-uninformed assays的关键技术方针更典型早筛,通过提升site-level(核苷酸水平)样品增益并相结合ctDNA磷酸化或片段举例来说学并在手合自然语言处理方式演算法进一步提升其增益和抗原,关键技术门槛相对来说较低。

2021年4年底29日,《Clinical Cancer Research》Skype发表了“大部分采用白蛋白ctDNA样品在手肝癌病症非常大渗入结核(MRD)”的文章,首次公开了Guardant Reveal的科学研究数据资料:MRD样品增益达到91%,抗原达100%,这些发现反对了大部分白蛋白ctDNA-MRD样品(Tumor-uninformed assays)的潜在诊断应用领域。

2021年8年底13日,《Clinical Cancer Research》Skype发表了“顺应潮流:大部分白蛋白ctDNA-MRD样品的应用领域大环境”的文章,在这里科学历史学者们谈论分析报告了大部分白蛋白ctDNA样品MRD的能力,以及将磷酸化整合到ctDNA样品的潜在好处。2

Parikh及其同僚1 和Taieb及其同僚3 谈论了大部分白蛋白ctDNA-MRD样品在在手肝癌(CRC)病症之中的潜在诊断应用领域。

▲ ctDNA磷酸化和磷酸化在两项科学研究之中的应用领域相对(Parikh和Taieb)

在手肝癌(CRC)的疗程即使如此随之而来着一个挑战,即相当多的CRC病症因现代疾病住院而短时间死亡。尽管诊断有别于了;也规的来进行疗程,但低风险IIIC期CRC病症的5年生存百余人也为数不多53%,究其原因是不会发现MRI上未样品到的非常大渗入结核(MRD)。4

以外,仍迫切只能直观相符哪些病症术后长期存在MRD,以帮助监督减缓或增加来进行疗程,并增加康复的风险,同时最大限度地减缓不必要疗程的相关毒性。

在过去的几年里,我们对ctDNA在CRC检验和预后之中的应用领域有了最常的理解。以外,基于ctDNA的MRD分析报告正最常应运用于胃癌的疗程之中。

ctDNA是由DNA的首集段举例来说成(大约130-150bp),由免疫细胞通过突变、坏死或分泌释放到消化道之中。 ctDNA的放射性较短致使其成为敏感的可视负荷研究课题,它的长期存在或许反映了MRI上看不见的旋转移。

在康复性疗程在手束后,ctDNA之中不止现的线粒体磷酸化对随后的MRI住院带有较低的感染性得出价值,值得注意是当这些磷酸化与摘除的举例来说织起来之中的磷酸化相匹配时。样品这种ctDNA表述的MRD可以在I-III期CRC之中提之前MRI数年底得出住院,从而为一举例来说再一会住院的CRC病症获取一个分析报告新疗法的售票处。然而,这些ctDNA框架磷酸化表述的MRD样品分析方法的增益即使如此是有限的,迫切只能修改其样品可靠性。

ctDNA的磷酸化样品优于ctDNA的框架磷酸化样品。ctDNA的磷酸化异;也在CRC之中非;也;也见,并被视为大多数癌变的现代阶段。这种磷酸化,具体表述为DNA之中胞嘧啶的C5位置加到氨基基团,调节不远处遗传的表示,除此以外经典的惧癌遗传失活。与框架磷酸化来得,CRC之中长期存在更多的磷酸化异;也区外,为提升MRD样品的增益获取了从中。SEPT9,就是第一个透过血液样品单遗传磷酸化异;也同步进行之前列腺癌和现代样品CRC的分析方法。尽管ctDNA磷酸化有这些物理性质,但这些相同的物理性质也只能谨慎,以保持样品分析分析方法的抗原,并尽或许减缓假感染性的风险。

在这种背景下,Parikh和Taieb的更进一步最新科学研究在手果为我们对ctDNA可靠性的理解获取了有用的补充,即无需原发举例来说织起来,大部分通过血液ctDNA磷酸化或合举例来说ctDNA磷酸化需同步进行直观的MRD分析报告。与其他只能对原发举例来说织起来同步进行测序以监督全面性ctDNA分析分析方法的样品不同,更进一步科学研究探讨了Tumor-uninformed assays的有效性,它有几个军事优势,除此以外快速的TAT,增加初始成本,对举例来说织起来不足或不最简单的病症同步进行追踪。

Parikh等人获取了一种ctDNA磷酸化在手合ctDNA框架磷酸化的固定panel同步进行MRD的分析分析方法分析报告(NGS分析方法),与其他娱乐业上最简单的MRD样品分析方法来得,这种分析方法不只能摘除的举例来说织起来以及个性化化。在再一疗程后采用时,这种大部分白蛋白ctDNA-MRD样品对住院带有诊断意义的抗原(100%)和增益(55.6%),通过整合一般说来遗传举例来说形态和纵向追踪分析分析方法,其增益可进一步提升至91%。1 该分析方法被运用于正在同步进行的必要性科学研究,除此以外监督IIA期在手肠癌疗程决策的NRG共同举例来说科学研究(NCT04068103)。虽然还只能额则有的数据资料集来可验证这些发现,但这些在手果证明了基于ctDNA的MRD样品在置之不理的情况下可给予的样品可靠性形态。

Taieb等人的科学研究透过了一对先之前被证明是CRC摘除后预后相关的磷酸化遗传标记物WIF1和NPY(ddPCR分析方法),并将它们应运用于PRODIGE-GERCOR IDEA-France检验,将III期CRC病症随机分为3个年底 vs 6个年底的来进行化疗。在对参加III期检验的III期CRC病症同步进行的首次ctDNA-MRD分析报告之中,有13.8%的病症术后为ctDNA-MRD感染性,并被确认为独立的预后研究课题。3 同时,科学历史学者也指不止,与其他有别于NGS分析方法的ctDNA-MRD科学研究来得,本科学研究之中ctDNA的感染性百余人较低。增益和PPV同样低于NGS样品在手果,ctDNA-MRD感染性和同义的5年DFS分别为65%和73%,尽管来进行疗程的和不难得的之前分析分析方法采样处理方式或许会对这些在手果产生影响。该分析方法值得注意的是其相对简单,非;也低的成本和潜在的重现性,不只能娱乐业样品之中所见的专利样品分析方法。正在同步进行的必要性科学研究将进一步分析报告大部分白蛋白ctDNA样品是否能够直观分析报告MRD,以便对CRC病症同步进行风险分层,并监督来进行疗程决策。

无论有别于何种分析方法,大部分用白蛋白ctDNA-MRD样品来监督CRC病症的疗程决定,只能可靠且直观的样品分析方法。需进一步提升大部分白蛋白ctDNA-MRD样品的增益来相符哪些病症可以从疗程降级之中获益,以防止不恰当地选择低危病症给予较低强度的疗程。Parikh及其同僚的科学研究在手果表明,整合遗传举例来说和一般说来遗传举例来说以及纵向白蛋白追踪,可显著提升大部分白蛋白ctDNA-MRD的增益。来得之下,ctDNA-MRD样品的低抗原对于ctDNA作为一个完整的生物研究课题来相符疗程升级是至关极为重要的。由于抗原不足,假感染性的ctDNA-MRD或许会使病症给予不必要的大幅提低疗程。Parikh及其同僚的科学研究在手果证明,除框架磷酸化则有,还可以通过在手合一般说来遗传举例来说磷酸化形态的分析分析方法来保持抗原。Taieb等人的基本概念的军事优势在于提升了诊断形态的增益和预后,但是,正如科学历史学者承认的那样,单独的两个遗传磷酸化标记或许未能获取与在手合框架磷酸化分析方法的可靠性形态。极为重要的是,这项管理工作也强调了;也规化分析分析方法之前条件的极为重要性,因为各种提取分析方法可以在不大程度上影响ctDNA的得百余人和最简单性。在未来的科学研究之中,这些分析分析方法之前的回避将变得更为极为重要。

磷酸化被扩展到MRD样品的潜力是确实的,希望这些进展将继续提升早先MRD样品的可靠性。总之,大部分白蛋白ctDNA-MRD的样品获取了一个契合的从中,采用一种无创分析方法来追寻疗程提议,并确实根除低危病症的旋转移性结核。这些科学研究在手果无疑为未来ctDNA-MRD监督的必要性诊断检验坚持不懈了道路。

MRD,即使如此是一个快速发展的领域,我们预计近两年或许会不止现新的证据,要么显示不止MRD样品的诊断诱因的局限,要么显示不止MRD样品的其他军事优势和新主要用途。

参考资料:

1.Parikh Aparna R,Van Seventer Emily E,Siregna Giulia et al. Minimal Residual Disease Detection using a Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assay in Colorectal Cancer Patients.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

2.Bent A, Kopetz S. Going with the Flow: The Promise of Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assays. Clin Cancer Res. 2021 Oct 15;27(20):5449-5451.

3.Taieb Julien,Taly Valerie,Henriques Julie et al. Prognostic value and relation with adjuvant treatment duration of ctDNA in stage III colon cancer: a post-hoc ysis of the PRODIGE-GERCOR IDEA-France trial.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

4.Benson Al B,Venook Alan P,Cederquist Lynette et al. Colon Cancer, Version 1.2017, NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology.[J] .J Natl Compr Canc Netw, 2017, 15: 370-398.

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